运输建筑材料需要选择工程值高、仓储容量大的工程舰，同时兼顾航行速度和安全性。工程舰分为大、中、小型三类，其中大型工程舰的工程值和仓储属性最优，但建造时间较长；中型工程舰适合中期过渡；小型工程舰则主要用于早期资源采集。部分战舰如721运输舰可通过混编提升运输效率，但需注意其战斗能力较弱，不适合单独执行高危区域任务。
大型工程舰是运输建筑材料的首选，其高工程值能显著提升采集效率，而大容量仓储则减少往返次数。这类舰船通常需要较高级别的基地支持，建造时需提前规划资源分配。中型工程舰在仓储和工程值上稍逊，但建造周期较短，适合资源紧张或急需快速补充建材的情况。小型工程舰仅推荐在游戏初期使用，后期应逐步替换为更高效的型号。
混编舰队能优化运输效率，例如将721运输舰与工程舰组合。721运输舰的仓储空间可分担部分建材负载，但需注意其防御薄弱，需搭配护航舰队确保安全。采矿平台也能减少计划圈占用并提供采集加成，适合固定资源点长期作业。平台仅限同盟成员使用，需提前协调部署位置以避免冲突。
执行运输任务时，优先选择低威胁区域的资源点，并通过增援指令缩短航行时间。高速侦查舰可提前建立计划圈，工程舰再通过增援快速抵达目标位置。若需长距离运输，建议利用联络站或前哨站作为中转节点，避免主力舰队因携带建材导致机动性下降。撤退时务必使用工程舰快速返回，防止敌方追踪航线定位基地位置。
后期可考虑使用装甲型工程舰提升生存能力，尤其在敌对活动频繁的星系。这类舰船虽工程值略低，但能有效抵御小规模骚扰。技术值应优先强化仓储和工程效率，避免浪费在无关属性上。若资源充足，可为工程舰队配备维修舰，但需权衡其对整体运输效率的影响。
大型工程舰是终极选择，而混编与战术调度能弥补单一舰种的不足。合理利用游戏机制如增援、计划圈和采矿平台，可最大化运输效率并降低风险。
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